La chiesa di San Biagio è menzionata per la prima volta in un documento risalente all’anno 950, quando l’edificio era parte di un complesso benedettino, occupato da monache di clausura, dipendente dal monastero di San Ciriaco in Via Lata a Roma.

Nel 1560 il monastero nepesino venne abolito e le sue strutture annesse alla parrocchia di Santa Croce.

L’accesso avviene tramite un portale composto da materiale di spoglio, comprendente un coperchio di sarcofago di epoca romana (III secolo d.C.) posto come epistilio e stipiti di epoca medievale decorati a racemi e palmette. La chiesa si presenta ad un’unica aula. All’interno, le diverse murature lasciano intuire differenti fasi costruttive succedutesi a partire dal X secolo. Un evidente ampliamento dell’edificio si ebbe durante il XII secolo, quando fu realizzato l’attuale presbiterio rialzato sopra la cripta ad oratorium.

L’abside reca affreschi di epoca diversa, i più antichi risalenti al XII secolo con due figure di Santi da identificare forse con San Benedetto e San Lorenzo. Al centro dell’abside le figure di Sant’Egidio e quelle dei Santi Abdon e Sennen da ascrivere ad una fase decorativa successiva, forse contemporanea alla realizzazione del ciborio collocato sul lato sinistro del presbiterio.

Il ciborio, caratterizzato da una volta a crociera costolonata e definito da due archi cuspidati, poggia su una colonnetta. Sotto la volta il ritratto di San Biagio e l’epigrafe che riporta l’anno di realizzazione dell’opera, il 1490.

Al di sopra della colonnetta una raffigurazione di San Sebastiano sormonta uno stemma con scrofa e ramo di quercia, l’emblema dell’Università dei Mercanti di suini. Tale stemma sembrerebbe indicare i committenti del ciborio dedicato a San Biagio, una ricca corporazione che possedeva a breve distanza dalla chiesa, ma fuori dal centro abitato, terreni destinati all’allevamento dei maiali.

Sotto il presbiterio c’è la bella cripta divisa in tre piccole navate da due slanciate colonne di reimpiego e decorata con un affresco del XIII secolo raffigurante la Vergine in trono con il Bambino.