La chiesa di Santa Croce è fra le più antiche di Nepi. La struttura originale può, forse, essere fatta risalire al X secolo. Di questo primo edificio restano solo delle tracce, visto le modifiche che si sono succedute nel corso del tempo.

Le fasi costruttive più evidenti sono quella del XII secolo, della quale sopravvive in particolare la parte terminale della struttura con l’abside, e quella del XVIII secolo che ha portato alla costruzione di due cappelle laterali facendo assumere alla chiesa la forma attuale, una pianta a croce greca.

Nel XV secolo, accanto alla chiesa, fu costruito un ospedale affidato alla Confraternita della Disciplina poi del Gonfalone.

Purtroppo, durante il XX secolo la struttura ecclesiale ha subito un forte degrado. Nel 1970 avvenne il primo crollo parziale del tetto, seguito nel 1980 da quello della capriata centrale della navata.

Oggi la chiesa si presenta in stato di abbandono, con impalcature che vanno parzialmente a coprire la parte del tetto mancante.